Echipa renaşte în 1990-1991, ediţie în care câştigă titlul de campioană şi Cupa României (Universitatea - FC Bacau 2-1). Gruparea din Bănie adună totul în acest an, devenind campioană pe linie, începând de la grupele de copii şi juniori şi până la echipa de tineret-speranţe. Craiova, simbolul curăţeniei morale în fotbal, prima campioană a României post-comuniste, aduce primul stranier din România, atacantul albanez Roland Agalliu.

   Cei mai importanţi jucători sunt: Prunea, Mănăilă, Săndoi, Adrian Popescu, Mogoşanu, Ciurea, Olaru, N. Zamfir, Badea, Pigulea, Cristescu, Craioveanu, Neagoe, Agalliu sau Ceauşilă, ei fiind antrenaţi de Sorin Cârţu şi Fane Cioacă. Pe plan extern, Universitatea obţine o dublă victorie, 1-0, în confruntarea cu Partizan Tirana, însă este învinsă de Borussia Dortmund.

   Următorul sezon este plin de speranţe pentru suporteri, o nouă cruciadă prin Europa fiind aşteptată cu sufletul la gură de toată Oltenia fotbalistică. Toate visele sunt însa ucise din faşă, Universitatea fiind eliminată de Apollon Limasol. În campionat, băieţii lui Cârţu ocupă locul 4.

   În stagiunea 1992-1993, Universitatea câştigă ultimul trofeu important din palmares, cu Marian Bondrea la timonă. Este vorba despre cea de a şasea Cupă a României, după ce trece în finală de Dacia Unirea Brăila (2-0). A fost însă o partidă tristă, în care căpitanul Universităţii, Emil Săndoi, unul dintre cei mai buni fundaşi români la acea oră, se accidentează grav, suferind o dublă fractură, de tibie şi peroneu. În campionat, Universitatea ocupă locul 3.

   Sezonul următor, leii termină pe poziţia secundă, cu Craioveanu câştigând titlul de golgheter al României şi pierd finala Cupei, 0-1 în faţa Gloriei Bistriţa. În Cupa Cupelor, Craiova este eliminată în turul al II-lea de Paris Saint-Germain.

   Urmează ’94-’95, cu Victor Piţurcă antrenor şi o nouă clasare pe locul 2 la finele sezonului, după o luptă strânsă cu Steaua. Totul s-a terminat după meciul din Ghencea, câştigat de bucureşteni cu 1-0 şi disputat cu 7.000 de olteni în tribune. Înaintea partidei, steliştii au refuzat televizarea meciului. Pentru a doua oară consecutiv, Gică Craioveanu a devenit golgeterul Diviziei A. În Cupă, Universitatea este eliminată în semifinale de Rapid, din nou cu o atmosferă fantastică în tribunele “Centralului”.

   Următorii doi ani competiţionali, 1995-1996 şi 1996-1997, sunt anii care vor reprezenta decăderea dominaţiei oltene. În campionat, Craiova, care îşi vânduse vedetele Stângă şi Craioveanu, ocupă un loc 4 şi un incredibil loc 11 (după aproape 30 de ani), iar în Cupă este eliminată în şaisprezecimi de Armătura Zalău şi în semifinale de Steaua (1-2).

   Lotul Universităţii era alcătuit din: Arcanu, Vodă, Lulelaru, Mogoşanu, Papură, Mitriţă, Gabi Popescu, Cristescu, Olăroiu, Călin, Ungur, Naicu, Adrian Popescu (revenit din Elveţia), Stoican, Suciu, Badea (revenit din Elveţia), Cristea, Gane, Trică, Ciocănescu, antrenori fiind Sorin Cârţu, Gabriel Boldici şi Mircea Irimescu.

   De aici încolo, Universitatea nu va mai reuşi nicio performanţă notabilă, urmând clasări de-a dreptul neobişnuite pentru suflarea oltenească. Nici în Cupă craiovenii nu fac excepţie de la regulă, însă aici mai joacă două finale, ambele pierdute: 0-1 cu Rapid, în sezonul 1997-1998 şi 0-2 cu Dinamo, în ediţia 1999-2000.

   În ’97-’98 Ştiinţa îşi mai adaugă o premieră în fotbalul românesc, aducând primul antrenor străin al unei echipe din ţara noastră, pe fostul căpitan al Barcelonei, Jose Ramon Alexanco. Ocupă locul 8 în clasament şi decide să joace corect cu Rapidul în ultima etapă, giuleştenii pierzând titlul după remiza de la Craiova (2-2). La numai trei zile, Rapid învinge Universitatea în finala Cupei, cu un gol din penalty, ţinându-i pe olteni departe de Europa.

   Ca finalistă a Cupei României, Universitatea participă în 2000-2001 în Cupa UEFA, însă Pobeda Prilep se califică după 1-1 la Craiova şi 0-1 în Macedonia. Ce a urmat a fost perioada cea mai neagră din istoria Universităţii Craiova. Cel mai iubit club de fotbal din România a fost condus timp de doi ani de un personaj sinistru, simpatizant al echipei miliţiei comuniste, marea rivală al cărei fost şi viitor investitor avea să fie. Este omul faţă de care suporterii Ştiinţei vor resimţi mereu o puternică ură!

   Anul următor înregistrăm o participare în Cupa UEFA Intertoto, Universitatea trecând de FC Bylis (3-3 la Craiova şi 1-0 la Ballsh), dar fiind eliminată de FC Synot Stare Mesto (2-2 la Craiova şi 2-3 în deplasare). În pauza de iarnă, în timp ce echipa se afla în cantonament în Cipru, o tragedie a cutremurat oraşul Craiova. În urma unui stop cardiac, Cristi Neamţu, portarul de nici 22 de ani din lotul alb-albastru, a decedat într-un spital din Nicosia, după ce se accidentase la antrenament, într-o blestemată zi de joi, pe un teren din Larnaca.

   Vestea s-a răspândit în Bănie cu viteza sunetului şi Craiova întreagă a amuţit de durere. Suporterii au uitat pentru câteva zile de orice conflict şi au cerut conducerii clubului să retragă pentru totdeauna de pe tricourile echipei numărul 12, cel purtat de „Schmeichel”, iar acesta să fie acordat fanilor Ştiinţei. Peluza Sud a purtat de atunci numele puştiului erou, Cristi Neamţu.

   În ultima etapă a sezonului 2001-2002, Universitatea a evoluat pe Stadionul “Ion Oblemenco” în compania echipei FC Naţional, care, cu o victorie în faţa craiovenilor, ar fi devenit campioana României, în dauna lui Dinamo Bucureşti, fosta echipă a Ministerului de Interne. Atunci, pentru prima dată în istoria fotbalului romănesc şi probabil în premieră mondială, suporterii olteni i-au susţinut pe adversari, huiduind copios la fiecare atingere de balon jucătorii propriei echipe, care, deşi purtau pe piept emblema Universităţii Craiova, semnaseră deja cu Dinamo.

   Suporterii n-au părăsit echipa, ci au păstrat-o în suflet, ca o melodie în surdină, nostalgică şi dureroasă. Iubirea pentru fotbal şi pentru Ştiinţa n-a dispărut, ea doar s-a refugiat în aceşti ani, când Bănia s-a simţit coplesită de un spirit străin.

   Asta este Craiova... orgolioasă, caldă, nedreaptă uneori, sensibilă şi gata să-ţi aducă aminte mereu că vorba care i se potriveşte este: ”iubeşte-o sau las-o!”.

   A urmat perioada 2002-2005, cu un alt patron, o echipă schimbată din temelii şi un start fulminant, după primele etape Universitatea aflându-se pe locul 1 în clasament. În vara lui 2003, internaţionalul Gică Popescu a ales să revină în România, dar la Dinamo, acolo unde nu a rezistat decât câteva etape. Alegerea sa a întristat Bănia şi este unul dintre cele mai mari regrete ale carierei sale, după cum spune chiar fostul căpitan de la Universitatea Craiova, PSV Eindhoven sau Barcelona. La finalul sezonului 2002-2003, oltenii se clasează pe locul 7.

   În 2003-2004, Universitatea reuşeşte câştigarea turneului de pregătire "Norcia Winter Cup" după ce trece de Tianjin Teda, Rapid (campioana României în acel sezon) şi, în fine, Metalurg Zaporoje, iar în campionat ocupă locul 4.

   Halucinantul sezon 2004-2005 aduce oraşul Craiova în pragul disperării. Întreaga Oltenie şi suporterii alb-albaştri din restul ţării trăiesc o dramă: retrogradarea Universităţii Craiova, după 41 de ani neîntrerupţi pe prima scenă... O tragedie a fotbalului românesc, a cărui primă divizie parcă nu mai avea sens fără religia albastră din sudul ţării...

   Aproape de colaps, după ce întreg lotul de jucători a fost vândut, cei mai mulţi mergând, din nou, la Dinamo, Universitatea Craiova a refuzat compromisul cumpărării unui loc în Divizia A şi a luat-o de la zero, inventând din nou o echipă. La finalul campionatului 2005-2006, Ştiinţa s-a întors în primul eşalon, după un sezon în care a suferit şi a luptat cu mândrie şi cu onoare, depăşind orice obstacol alături de fanii ei. Aceştia i-au fost alături meci de meci, într-o impresionantă desfăşurare de forţe. 19 mai 2006 a fost o zi în care Oltenia fotbalistică a explodat din nou de bucurie.

   Campioana unei mari iubiri a revenit acolo unde alţii n-au vrut-o, dar nu i s-au putut împotrivi. Dragostea din care s-a hrănit Universitatea în acel an, nici nu poate fi înţeleasă de cei care i-au făcut rău, nici nu poate fi respectată de cei care acum îşi rodeau unghiile de neputinţă. Până la urmă n-a fost un vis urât, ci unul dintre cele mai frumoase pe care această echipă le-a trăit vreodată. Înconjurată de atâta iubire, n-avea cum să nu reuşească...

   Craiova şi suporterii ei îşi trăiau în continuare fascinanta lor poveste de dragoste. Întreaga Oltenie a sărbătorit nu promovarea, ci renaşterea Universităţii, a celei mai iubite şi mai rebele echipe care a existat vreodată în România, în timp ce Bucureştiul tremura din nou: singura rivală de care se temea cu adevărat se întorsese!

   Primul an de Liga I al noii echipe a fost unul dificil, majoritatea componenţilor lotului debutând practic pe prima scenă şi clasându-se la final pe locul 9. Perioada este una marcată de neîncredere în tânăra echipă şi de relaţiile încordate dintre conducerea clubului şi reprezentanţii municipalităţii, care refuză să fie alături de club.

   Deşi se întărise cu mai multe transferuri sonore, albaştrii Craiovei au început slab stagiunea 2007-2008, cu şapte înfrângeri în primele opt etape. Startul ratat a compromis întreg sezonul şi chiar dacă Universitatea a arătat în retur un fotbal de înalt nivel, oltenii au terminat pe acelaşi loc, 9.

   Trei ani la rând, Ştiinţa a fost cea mai tânără echipă din Liga I şi în primele trei din Europa, ca medie de vârstă. Cu un joc ofensiv şi spectaculos, Universitatea Craiova şi-a propus ca la finalul ediţiei 2008-2009 să se întoacă, după mulţi ani de absenţă, în Europa.